Jeudi 03 dcembre 2020

Comment fonctionne la démarche scientifique ?

Depuis plusieurs semaines, les Français débattent sur l’affaire épineuse de la chloroquine et des essais cliniques du professeur Raoult, Infectiologue et Directeur de l’IHU Méditérranée Infection à Marseille.

Si sa réputation est déjà soumise à une certaine controverse, c’est la méthode scientifique qu’il a utilisée qui est aujourd’hui critiquée : d’après certains de ses confrères, elle ne respecterait pas certains protocoles indispensables à la validation des résultats obtenus. Pour eux, il n’a amené aucune preuve de l’efficacité de l’hydroxychloroquine sur le coronavirus. Pire, il aurait retiré volontairement certains sujets de sa première étude afin d’orienter positivement ses résultats, ce qui est contraire à l’éthique scientifique.

J’ai beaucoup réfléchi à toute cette polémique et à sa surmédiatisation. Les Français lambda comme moi, se retrouvent à jouer aux apprentis doctorant en microbiologie dans cette affaire qui aurait dû rester dans la commu scientifique.

Peut-on leur en vouloir, tant on nous assomme à longueur de journée à coup de discours d’experts se contredisant les uns les autres, à la télé, à la radio, sur les réseaux sociaux.. ?
On ne sait plus à quel saint se vouer… Dans tout ce marasme, la population se retrouve face à des scientifiques utilisant un jargon incompréhensible, et bien que certains essaient de vulgariser tout cela, il manque l’essentiel : qu’est-ce que la démarche scientifique ? Quelles sont les différentes étapes et à quoi servent chacune d’entre elles ? Pourquoi est-ce dangereux de ne pas suivre scrupuleusement la méthode scientifique ? Comment évalue-t-on une preuve ?

C’est ce que je vais essayer d’expliquer ici, afin que chacun puisse commencer à comprendre pourquoi les essais de Raoult ont été décriés.

Je ne compte pas donner mon avis, juste informer les gens sur ce qui me paraît essentiel à la bonne compréhension du débat actuel.

Evidence-based medicine (EBM)

Voilà un terme que l’on entend peu souvent en temps normal et qui revient régulièrement en ce moment. Logique, en pleine crise sanitaire concernant un virus dont on sait peu de choses et pour lequel nous n’avons ni traitement, ni vaccin.

L’evidence-based medicine, ou en français « la médecine basée sur les faits/preuves », est l’utilisation des meilleures données cliniques disponibles afin de traiter chaque patient de manière efficace, avec un ratio bénéfice/risque réduit.

Cela passe par toutes les méthodes scientifiques existantes actuellement : meta analyses, études randomisées en double aveugle etc. qui vont amener des preuves d’efficacité afin d’élargir le ou les traitements à toutes les populations.

Les biais humains

Notre cerveau est notre meilleur ami…mais aussi notre pire ennemi. Malgré la volonté de suspendre notre jugement, notre cerveau va faire des choix et interpréter des données de façon biaisée.

La science essaie de réduire a minima les biais qui peuvent apparaître lors d’une expérimentation. En effet, tous les êtres humains possèdent des biais cognitifs, même les plus érudits d’entre nous !

Il est indispensable d’en donner une définition pour mieux comprendre ce qui va suivre.

Biais cognitif : Un biais cognitif est une distorsion dans le traitement cognitif d’une information. Le terme biais fait référence à une déviation systématique de la pensée logique et rationnelle par rapport à la réalité. Les biais cognitifs conduisent le sujet à accorder des importances différentes à des faits de même nature et peuvent être repérés lorsque des paradoxes ou des erreurs apparaissent dans un raisonnement ou un jugement. (Wikipédia)

Les biais cognitifs peuvent être organisés en quatre catégories : les biais qui découlent de trop d’informations, pas assez de sens, la nécessité d’agir rapidement et les limites de la mémoire.
Modèle Algorithmique: John Manoogian III (jm3)
Modèle Organisationnel: Buster Benson.

Les étapes scientifiques et leur niveau de preuves

Il existe une multitude de types de recherches scientifiques, nous allons donc nous focaliser sur ce qui nous intéresse aujourd’hui, la méthode hypothético-déductive qui est la plus utilisée, ainsi que les différentes preuves et leur niveau d’importance et de crédibilité, de la plus faible à la plus élevée.

– LES AVIS D’EXPERTS ET ANECDOTES

L’expérience d’un seul individu, ainsi que ses témoignages ne sont pas considérés comme des preuves mais plutôt comme un point départ, et ce même si la réputation du médecin est éminente.
Tout d’abord, parce que son avis peut être contraire à celui de ses confrères.
Ensuite, son avis peut également être biaisé : la confusion entre causalité et corrélation est un un biais qui existe dans la vie courante mais d’autant plus dans la recherche scientifique. Il faut savoir lever ses propres biais pour s’approcher la vérité.

Un des exemples les plus connus de confusion entre causalité et corrélation est la soi-disant augmentation des naissances lors des périodes de pleine lune. On pense que lorsque la lune est pleine, les femmes vont avoir tendance à plus souvent accoucher, alors que c’est complètement faux. Demandez à une sage femme, de formation scientifique donc, elle vous confirmera pourtant que c’est vrai, car au lieu de regarder des données chiffrées, elle ne suivra que son ressenti, et sera plus attentive aux naissances ces soirs-là.

– ETUDES SUR LES ANIMAUX ET LES CELLULES & OBSERVATION

Les animaux, n’étant pas constitués de la même façon que les humains, peuvent réagir différemment à des tests en laboratoires, ce qui est assez logique puisque certaines maladies sont typiquement animales (exemple : la maladie de carré chez le chien qui n’existe pas chez l’homme).

En partant de ce principe, les molécules attribuées aux animaux de laboratoires n’auront peut-être pas un effet similaire sur l’humain.

Il en va de même pour les tests sur les cellules isolées en laboratoire, ou plus connues sous le nom de test « in vitro » : les réactions sont souvent bien différentes sur un être vivant (in vivo).

Ces études peuvent constituer toutefois un commencement de preuve lorsqu’elles sont corrélées et que l’on peut commencer à émettre des hypothèses : cette phase s’appelle l’Observation. (ou phase pré-clinique)

– LES ESSAIS CLINIQUES

On commence à entrer dans le vif du sujet : il existe plusieurs types d’essais cliniques répondant chacun à des protocoles très stricts. Les résultats de ces essais, lorsque les règles méthodologiques sont respectées, peuvent être considérés comme des preuves fiables.

  • La randomisation

Chaque essai peut être randomisé ou non : c’est à dire que l’on administre un traitement ou un principe actif à un groupe de patients choisis au hasard (d’où le nom) mais ayant la même pathologie (exemple : échantillon de 100 patients atteints du covid-19).

Ceux qui n’auront pas été choisis pour tester le traitement auront par exemple un placebo ou un traitement standard. C’est ce que l’on appelle le « groupe contrôle ».

Plus l’échantillon est important, plus les résultats sont considérés comme fiables.

La randomisation est un protocole très répandu car il évite les biais : l’intérêt étant d’avoir 2 groupes similaires contenant une variété d’individus élargie. (individus de tous âges, avec ou non de la comorbidité, de tous sexes etc.)
Si les groupes se composent dans l’un uniquement de personnes de 20 ans et dans l’autre que des patients de 80 ans, les résultats seront forcément différents et je ne saurai pas si mon traitement fonctionne.

  • Le concept d’insu (tests en aveugle)

Dans ce même essai randomisé, il est possible de faire des tests en « aveugle » : un ou plusieurs protagonistes ne sont pas au courant de ce qu’ils administrent ou reçoivent, le traitement ou le placebo. Cela permet encore une fois d’éviter les biais et d’influencer le patient, l’effet placebo ou nocebo n’étant jamais à négliger.

Le plus souvent, on fait un test en double aveugle car il est considéré comme le plus objectif : ni le patient, ni le médecin investigateur ne connaissent la nature réelle du traitement.

Il est possible également d’effectuer le test en triple aveugle, qui inclut aussi le chercheur chargé d’analyser les données.

Pour plus de fiabilité, on peut ajouter le multicentrisme à l’étude : les essais vont être effectués parallèlement dans d’autres centre médicaux (hôpitaux par exemple) afin de vérifier la similarité des résultats. Une fois cela fait, les scientifiques réalisent alors la validation et la conclusion de l’étude.

Il existe beaucoup d’autres types de tests, mais pour une raison de simplification, j’ai préféré me concentrer sur ceux qui ayant fait leurs preuves, et donc les plus utilisés en sciences.

  • La reproductibilité

Une fois que l’étude ou l’essai clinique est terminé, que les chercheurs ont émis une conclusion ou une hypothèse, c’est loin d’être fini.

Il faut que l’expérience soit reproduite à l’identique autant que possible afin de vérifier si les résultats sont similaires. Si tel est le cas, on peut alors parler de théorie. Si l’étude n’est pas reproductible à l’identique, c’est qu’elle comporte des biais et donc que sa conclusion est fausse.
Même à ce niveau élevé d’expertise, seule la méthode utilisée est validée. Il faudra encore d’autres tests pour confirmer ou infirmer la théorie.

Vous l’aurez compris, la science implique de longs processus, et une seule étude ne saurait être une preuve que si elle possède un protocole strict sur un très large échantillonnage.

La crise du covid-19 a mis en exergue une problématique existant depuis les années 2000, la crise de la reproductibilité. Les scientifiques peinent de plus en plus à reproduire les recherches effectuées par leurs semblables, le domaine médical étant le plus impacté.
Les causes restent floues, mais cette carence serait due aux biais cognitifs (encore eux !), mais aussi à la pression de publier dans des revues prestigieuses comme Nature ou The Lancet.
S’il est difficile de reproduire un essai même lorsque les protocoles sont respectés, imaginez lorsqu’ils ne le sont pas et le manque de fiabilité découlant de ces expériences.

Cette partie me paraît importante, car la presse dégote souvent des études afin de faire le buzz. Si nous les prenons pour argent comptant sans tenir compte du fait qu’il faut qu’elles soient confirmées un maximum de fois avant d’être validées, notre jugement lui aussi sera biaisé… Sans parler du manque de compétences des journalistes pour interpréter la conclusion d’une publication scientifique.

Donc la prochaine fois que vous trouverez un article titrant « Selon une étude… », j’espère que vous ferez preuve d’esprit critique, maintenant que vous connaissez (un peu) comment ça se passe.

Quid de l’argument « dans l’urgence, on compose » ?

La notion d’urgence ne saurait prendre un quelconque sens en science. On peut dépêcher un maximum de scientifiques, de ressources afin d’étudier une situation, mais le schéma expérimental ne permet pas d’accélérer les procédés en occultant certaines étapes. La vie de milliards d’êtres humains est en question.

Le CNRS a d’ailleurs publié un article sur l’éthique en période d’urgence sanitaire. Car derrière le charabia scientifique se trouvent des hommes et des femmes, inquiets eux aussi, et pouvant être tentés de faire des raccourcis pour gagner du temps. le lien ici pour ceux qui veulent aller plus loin.

Dans notre travail, dans notre vie quotidienne, nous sommes confrontés à des procédures souvent complexes, mais nous les respectons pour une raison : si elles ont été crées, c’est pour nous protéger. La méthode scientifique n’échappe pas à la règle, bien au contraire.

Céder à la panique en donnant n’importe quoi, en ne respectant pas les protocoles scientifiques, ignorer la balance bénéfices risques, autant de biais qui mettent la vie des gens déjà mal en point encore plus en danger.

Souvenez-vous du Médiator, ce médicament mis sur le marché sans avoir répondu à tous les tests nécessaires et le scandale sanitaire qui en a découlé…
Ou l’affaire de la ciclosporine, cette molécule brandie par 3 scientifiques français comme étant le remède du VIH sans penser aux dangers et effets secondaires graves, qui a eu pour conséquences la mort des patients testés avec ce traitement.
Prenons note des leçons du passé quand elles peuvent être transposées et non pas quand cela nous arrange.

Pour finir, je demanderai à tous ceux qui liront cet article d’essayer d’être pédagogues : nous n’avons pas tous un bac +10 en biochimie, mais nous avons les moyens de nous informer correctement et de transmettre ces infos à ceux qui les ignorent. Éduquons ceux qui n’ont pas les bases, car dans cette polémique, dans les pro-Raoult, pro hydroxychloroquine, ce sont pour la plupart des gens qui ne demandent qu’à savoir, et qui ont fait confiance à la première personne qui avait un semblant de solution, avec un gros bagage avec lui. Ces personnes se sont arrêtées à la 1ère étape décrite plus haut, à nous de leur montrer les autres.

Sources :

https://www.mediterranee-infection.com/wp-content/uploads/2020/03/Hydroxychloroquine_final_DOI_IJAA.pdf

https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9decine_fond%C3%A9e_sur_les_faits#Niveau_de_preuve_:_type_de_donn%C3%A9es_utilis%C3%A9es_dans_les_recommandations

https://www.futura-sciences.com/sante/definitions/medecine-etude-randomisee-3337/

https://www.lemonde.fr/sciences/article/2017/10/02/la-rigueur-scientifique-a-l-epreuve-de-la-reproductibilite_5195088_1650684.html

https://fr.wikipedia.org/wiki/Crise_de_la_reproductibilit%C3%A9

https://destinationsante.com/dossiers/laffaire-du-mediator